Tetapi pada hubungan memburuk lagi pada awal tahun 2002 ketika Australia memberikan visa menetap sementara kepada 42 warga papua yang mencari suaka di Negara tersebut. Meski Australia menyebut tindakan ini bukan sebagai bentuk dukungan terhadap sparatis Papua, tetapi Indonesia melihatnya berbeda. Jakarta menilai yang dilakukan oleh Australia akan memperburuk hubungan kedua Negara. Papua memang menjadi masalah yang selalu duri yang merusak hubungan antara Jakarta dan Sydney.
Perbaikan hubungan antara Australia – Indonesia dilakukan pada tahun 2002 ketika Perdana !enteri Australia John Howard menghadiri pelantikan Presiden Republik Indonesia,Susilo Bambang Yudhoyono pada tahun 2004. Ini merupakan hal pertama yang dilakukan Pemerintah Australia. Hubungan semakin baik ketika terjadi bencana Tsunami Aceh.
Hingga kemudian pada 13 November 2016 Australia dan Indonesia menandatangani Joint Declaration on Comprehensive Partnership atau yang dikenal sebagai Perjanjian Lombok.
Perjanjian Lombok meliputi kerjasama bidang petahanan, penegakkan hukum, kontra terorisme, kerjasama intelijen, keselamatan penerbangan, proliferasi senjata pemusnah missal, kerjasama tanggap darurat bencana alam, organisasi multilateral dan kerjasama antar masyarakat.
Tetapi kemudian lagi-lagi memburuk karena penyadapan yang berakhir dengan penghentian kerjasama militer dengan Australia. Setelah situasi sempat membaik, kini putus lagi.
