Indonesia memutuskan menghentikan seluruh kerja sama militer dengan Australia. ABC menyebut alasan penghentian karena ada bahan yang dianggap menghina yang dipajang di markas pasukan komando Australia di Perth.
Ini bukan kali pertama Indonesia mengambil sikap tegas tersebut. Hal serupa juga dilakukan pada 2013 ketika terungkap skandal penyadapan oleh Australia terhadap telepon Presiden Susilo Bambang Yudhoyono. Kala itu terungkap bahwa pada tahun 2009, intelijen Australia berusaha meretas dan menyadap ponsel SBY.
Sementara pada 2015 Australia yang mengancam akan menghentikan kerjasama militer dengan Indonesia termasuk menghentikan bantuan hibah pesawat Hercules. Ancaman ini dikeluarkan setelah Australia marah dengan keputusan Indonesia menghukum mati salah satu warganya karena kasus narkoba. Tetapi ancaman itu tidak pernah terealisasikan. Hubungan kedua Negara tetap berjalan dengan baik.
Hubungan antara Australia dengan Indonesia relatif baik dalam berbagai bidang termasuk keamanan dan pertahanan. Tetapi hal itu tidak lepas dari pasang surut. Kadang baik, kadang memburuk.
Hubungan Australia – Indonesia pada fase baik ketika masa pemerintahan Presiden Republik Suharto dan Perdana !enteri Australia Paul Keating yang menandatangani Agreement on Maintaining Security, perjanjian kerjasama di bidang keamanan bilateral pada 18 Desember 1995.
Perjanjian tersebut merupakan kerangka kerjasama di bidang keamanan antara Australia dan Indonesia dan juga menjadi salah satu ajang konsultasi di tingkat menteri. Tetapi AMS ini mengalami hambatan saat terjadi terjadi krisis Timor Timur pada September 1999.
Hubungan kedua Negara memburuk terkait masalah referendum provinsi termuda tersebut. Indonesia menilai Australia mengeksploitasi masalah Timor Timur dan memojokkan posisi Jakarta. Situasi semakin parah ketika Australia masuk ke wilayah Timor – Timur sebagai pemimpin pasukan perdamaian PBB saat hasil referendum memutuskan wilayah itu merdeka dari Indonesia. Presiden BJ Habibie kemudian membatalkan AMS dan dberlaku selama empat tahun.
Hubungan kedua Negara mulai mencair setelah terjadi aksi terorisme di Indonesia. Bom bali I 12 Oktobe 2002, pengeboman Kedubes Asutralia 9 September 2004 dan Bom Bali 2 1 Oktober 2005. Serangant eroris ini mendorong dibentuknya Tim INvestgiasi bersama antara kepolisian dan badan intelijen Australia untuk memukan pelaku bom bali yang sebagian besar korban adalah warga Australia.
