Armada kapal selam Korea Utara, lebih kecil dan kurang didanai dibandingkan angkatan lain, tetapi telah menghasilkan sejumlah besar insiden internasional. Pada 18 September 1996, sebuah kapal selam Kelas Sang-O yang dioperasikan oleh Biro Pengintaian kandas di dekat Gangneung, Korea Selatan.
Kapal selam, yang telah mengirimkan tiga komandan pasukan ke darat dua hari sebelumnya untuk mengintai pangkalan angkatan laut Korea Selatan, telah gagal untuk mengambil pesta malam sebelumnya. Pada usaha keduanya, kapal selam itu kandas dan menjadi terjebak di garis pantai.
Kapal selam itu membawa 21 awak serta Direktur dan Wakil Direktur Departemen Kelautan. Pasukan udara dan pasukan khusus Korea Selatan memulai perburuan 49 hari yang berakhir semua warga Korea Utara kecuali satu orang tewas atau ditangkap.
Banyak yang melakukan bunuh diri atau dibunuh oleh atasan mereka untuk mencegah penangkapan. Pelaut Korea Utara yang tersisa, atau agen, diyakini telah kembali melintasi DMZ. Delapan pasukan Korea Selatan tewas, demikian pula empat warga sipil Korea Selatan.
Pada tahun 1998, kapal selam kelas menengah Yugo, pendahulu kelas Yono, terjerat jaring kapal nelayan Korea Selatan dan ditarik kembali ke pangkalan angkatan laut. Di dalamnya ada pemandangan mengerikan: lima awak kapal selam dan empat agen Biro Pengintaian, semuanya mati karena luka tembak.
Para kru telah dibunuh oleh para agen, yang kemudian bunuh diri. Kapal selam itu diduga terjerat jaring kapal nelayan dalam perjalanan pulang ke Korea Utara, setelah mengambil sekelompok agen yang telah menyelesaikan misi ke darat.
Pada Maret 2010 korvet ROKS Cheonan, yang beroperasi di Laut Kuning dekat Garis Batas Utara, dihantam torpedo di bagian belakang. Kapal Cheonan seberat 1,500 ton, merupakan sebuah korvet kelas Pohang itu pecah menjadi dua bagian dan tenggelam.
Sebanyak 46 pelaut Korea Selatan tewas dan 56 terluka. Sebuah komisi internasional yang dibentuk untuk menyelidiki insiden itu menyalahkan Korea Utara, sebagian besar disebabkan oleh sisa-sisa torpedo berat CHT-02D Korea Utara yang ditemukan di lokasi tenggelamnya kapal itu. Kapal selam yang bertanggung jawab dianggap sebagai kapal selam cebol Kelas Yono.
Kapal selam terbaru Korea Utara melangkah ke arah yang berbeda, yang disebut kelas Sinpo atau Gorae (Whale) adalah kapal selam rudal balistik (SSB). SSB tampaknya memadukan pengetahuan kapal selam dari kelas-kelas sebelumnya dengan teknologi peluncuran dari kapal selam rudal balistik era Perang Dingin Soviet.
Korea Utara mengimpor beberapa kapal selam kelas Golf pada 1990-an, seolah-olah untuk tujuan penghapusan. Baik Kelas Golf dan Gorae menampilkan tabung rudal di layar kapal selam. Tabung diyakini akan digunakan untuk rudal balistik yang diluncurkan oleh kapal selam Pukkuksong-1 (Polaris) yang saat ini sedang dikembangkan. Jika berhasil, kekuatan kecil Gorae dapat memberikan kemampuan serangan kedua yang kasar tetapi efektif, memberikan rezim kesempatan untuk membalas bahkan dalam menghadapi serangan preemptive besar.
Ketergantungan Korea Utara pada kapal selam memaparkan kenyataan pahit bagi negara itu. Angkatan laut dan angkatan udara Amerika dan Korea Selatan sekarang begitu jauh lebih unggul sehingga satu-satunya cara yang layak bagi angkatan laut Pyongyang untuk bertahan hidup adalah pergi ke bawah air.
Meskipun sangat mampu melawan armada kapal selam negara lain, Korea Utara benar-benar mendapatkan banyak manfaat dari mereka. Meskipun tua dan usang, kapal selam Korea Utara memiliki keunggulan dalam jumlah.
