Selama 1990-an, Iran meningkatkan retorika anti-Israel untuk menumbuhkan dukungan politik di dunia Muslim yang lebih luas.
Namun, pada tahun 2003, pemerintahan moderat Mohammad Khatami mengirimkan tawaran perdamaian yang luas untuk memulihkan hubungan dengan Amerika Serikat dan Israel. Namun, pemerintahan Bush justru membalasnya dengan menyebut Iran sebagai ‘Axis of Evil.’
Pada bulan April tahun yang sama, pasukan Amerika menyerbu musuh lama Iran, Irak. Mungkin sulit untuk mengingat hari ini, tetapi dalam minggu-minggu setelah jatuhnya Baghdad, banyak orang di Washington secara terbuka berspekulasi bahwa Teheran atau Damaskus mungkin yang target berikutnya untuk dijatuhkan.
Namun, Irak adalah negara mayoritas Syiah yang diperintah oleh seorang diktator Sunni. Dengan penggulingan Saddam Hussein, politisi dan ulama Syiah Irak naik ke tampuk kekuasaan dan segera menggeser negara kea rah hubungan yang lebih hangat dengan Teheran.
Memang ironis, Amerika Serikat yang justru menghapus salah satu hambatan utama masuknya pengaruh Iran.
Penindasan Syiah terhadap para Sunni sebelumnya juga akan mengilhami kelompok-kelompok radikal Sunni (seperti ISIS), yang mendorong pembentukan milisi Syiah yang didukung Iran untuk menghadapi mereka dalam lingkaran sektarian yang ganas.
Pada tahun 2005, tokoh garis keras Mahmoud Ahmadinejad terpilih sebagai presiden Iran. Sebagai seorang ideolog yang gigih, Ahmadinejad memadukan retorika anti-Israel dan berbagai tindakan— misalnya, mensponsori konferensi penyangkalan Holocaust internasional — dengan dukungan militer dan pelatihan yang meningkat untuk Hizbullah.
Teheran juga mulai mensponsori Hamas, kelompok Islam Sunni yang pada akhirnya mengamankan kendali wilayah Jalur Gaza Palestina pada 2007.
Pada musim panas 2006, dinamika ini meningkat ke dalam Perang Lebanon 2006, ketika Israel memulai kampanye pemboman besar-besaran yang menargetkan pasukan Hizbullah di Lebanon, kemudian meningkat menjadi invasi.
Skala pemboman besar-besaran dilaporkan mengejutkan kepemimpinan Hizbullah — juga warga sipil Lebanon. Pasukan Pertahanan Israel diperkirakan menewaskan 600 hingga 700 pejuang Hizbullah dalam perang, sementara sebagian besar sumber mengatakan korban tewas di kedua kombatan dan nonkombat di Libanon sekitar 1.100.
Namun, rudal Kornet-E dan Metis yang dibangun di Rusia dan jaringan ketat posisi pertahanan memungkinkan pejuang Hizbullah yang didukung oleh personil Garda Revolusi Iran mampu menimbulkan kerugian besar yang tak terduga pada tank dan infanteri Israel.
Perang berakhir dengan gencatan senjata dan frekuensi bentrokan berkurang sebagian karena keberadaan pasukan penjaga perdamaian PBB. Hizbullah dan Israel menjilat luka mereka dan segera terlibat dalam konflik lain.
Israel juga khawatir dengan program senjata nuklir Iran dan Suriah dan kemampuan rudal balistik Iran yang berkembang secara cepat. Di Suriah, insinyur Iran, Suriah dan Korea Utara telah berkolaborasi dalam fasilitas reaktor nuklir dan pabrik senjata kimia baru.
Namun, pada bulan Juli 2007, pabrik kimia al-Safir mengalami ledakan ‘misterius’, sementara pesawat tempur Israel menghancurkan reaktor di Deir-ez-Zor pada bulan September, yang secara efektif mengakhiri ambisi nuklir Suriah.
Iran, terletak di luar jarak tembak yang mudah dari jet Israel, dengan beberapa perbatasan internasional. Oleh karena itu Israel mulai melobi Washington untuk meluncurkan perang preventif untuk melumpuhkan program penelitian Iran. Meskipun ide ini populer di kalangan neokonservatif dalam pemerintahan Bush, Perang Irak pada saat itu telah terbukti menjadi suatu bencana hingga dukungan politik untuk menyerang Iran masih kurang.
Sebaliknya, militer Israel menggunakan cara rahasia untuk menyerang program nuklir Teheran. Mulai tahun 2010, upaya pembunuhan Israel menewaskan sedikitnya lima orang dan melukai satu ilmuwan nuklir Iran. Upaya Iran untuk membalas – melalui serangan teror internasional – sebagian besar tidak berhasil.
