Perkiraan sejumlah perhitungan SR -71 membutuhkan biaya sekitar US$200.000 atau sekitar Rp2,7 miliar per jam untuk beroperasi (dengan kurs Rp13.500). Tingginya biaya disebabkan salah satunya fakta bahwa armada Blacbird hanya kecil yakni hanya dibangun 32 pesawat.
Belum lagi desain unik SR-71 menjadikan pemeliharaan jauh lebih sulit. Selain itu juga diperlukan logistik khusus terutama untuk bahan bakar yang biayanya eksotis yakni US$18.000 atau sekitar Rp243 juta kala itu.
Bahan bakar khusus SR-71 yang disebut JP-7 juga harus dibawa oleh pesawat tanker khusus KC-135Q saat mengisi bahan bakar.
Bahan bakar ini memiliki titik nyala yang tinggi dan tidak akan menguap atau meledak di bawah panas dan tekanan ekstrem.
Tetapi bahan bakar ini sulit dibakar atau dinyalakan dengan cara konvensional dan harus mengembangkan sistem pengapian kimia berbasis triethylborane yang menambah kompleksitas biaya.
Sementara di sisi lain anggaran Angkatan Udara menurun menjelang akhir Perang Dingin hingga akhirnya mereka tidak bisa lagi menjaga SR-71 yang mahal terutama karena ancaman baru mulai muncul. Layanan ini mengharapkan kombinasi dari satelit dan sarana teknis lainnya akan menggantikan jet legendaris tersebut.
Salah satu sistem tersebut adalah pesawat tak berawak atau drone pengintai Lockheed Martin RQ-3 DarkStar tetapi dibatalkan pada tahun 1999. Tetapi meski RQ-3 dibatalkan, Angkatan Udara terus mengembangkan Tier 3 yang memunculkan Lockheed Martin RQ-170 Sentinel dan kemungkinan juga pesawat tak berawak Northrop Grumman RQ-180.
Jika RQ-180 tidak ada, secara efektif sulit untuk menutup kesenjangan kemampuan karena ditinggalkan SR-71 Blackbird.
