Sementara itu, kapal selam juga mengalami penundaan dalam hal pengiriman dan peningkatan biaya. Keputusan Angkatan Laut untuk beralih dari baja HY-80 yang digunakan di kapal selam Kelas Los Angeles dan kapal tua lain menjadi baja HY-100 untuk Seawolf memunculkan masalah teknis tetapi baja ini jauh lebih kuat melawan tekanan.
Pada tahun 1991, Electric Boat dipaksa untuk mengganti sekitar 150.000 pon bahan pengelasan pada Seawolf, karena teknologi pengelasan yang ada tidak cukup untuk menghasilkan lasan tahan lama di baja HY-100.
Masalah las merupakan pukulan serius bagi Angkatan Laut dan Electric Boat, dengan menghapus dan mengganti lasan yang rusak yang menelan biaya ratusan juta dolar dan menjadikan butuh waktu tambahan 22 bulan untuk produksi.
Karena masalah dengan pengelasan dan isu-isu lain, termasuk mengembangkan sistem tempur baru, Seawolf pertama pada akhirnya harus tertunda 25 bulan.
Biaya terus tidak kendali. Pada 1991, Angkatan Laut membutuhkan US$33,6 miliar hanya untuk 12 kapal selam. Pada tahun 1995 pemerintahan Clinton dan Kongres sepakat untuk membatasi kelas Seawolf hanya menjadi tiga kapal, termasuk USS Connecticut dan USS Jimmy Carter-kapal selam khusus yang dibangun lebih panjang yang mampu operasi clandestine underwater dan operasi khusus. Biaya per kapal mencapai US$ 4,4 miliar, dengan total biaya program US$ 13,2 miliar.
Terpukul dengan harga yang sangat mahal dari Seawolf, US Navy mulai bekerja untuk membangun kelas baru yang dirancang untuk menjadi lebih fleksibel, beroperasi lebih dekat dengan pantai dalam mendukung operasi darat dan mungkin yang paling penting, terjangkau. Kapal selam ini yang kemudian dikenal dengan kelas Virginia yang harganya mencapai US$1,76 miliar atau kurang dari setengah harga Seawolf.
Seawolf pada akhirnya adalah kisah dari program senjata canggih yang lahir pada situasi yang luar biasa buruk. Hilangnya lawan utama yakani Soviet dan hilangnya pendanaan untuk pembangunan kapal selam, dengan serangkaian masalah teknis yang sangat mahal menjadi kombinasi sempurna untuk secara efektif membunuh kapal selam ini.
Namun, dengan dengan angkatan laut China berkembang pesat dan Rusia kembali bangkit, Seawolf mungkin akan memiliki celah kecil untuk lahir lagi.
