Angkatan Laut Indonesia memiliki pengalaman panjang dalam pengoperasian kapal selam. pada periode 1960 dan 1970-an, Indonesia menjadi negara dengan kekuatan kapal selam paling kuat se Asia-Pasifik.
Kala itu Indonesia memiliki 12 kapal selam kelas Whiskey, dua torpedo Retriever, dan satu kapal selam tender yang semua dibeli dari Uni Soviet. Sebagai perbandingan, tidak ada negara Asia Tenggara lainnya kala itu yang dimiliki kekuatan kapal selam dari berbagai ukuran, dan pada tahun 1967 Angkatan Laut Australia hanya memiliki enam kapal selam Kelas Oberon.
Angkatan Laut Indonesia menerima kapal selam pertama, KRI Tjakra (401), dari Uni Soviet pada tanggal 12 September 1959. Kapal selam pertama ini diperintahkan oleh Komandan O.P. Koesno. Pengirimannya adalah tonggak dalam penciptaan Angkatan kapal selam Indonesia, dan pada 12 September akhirnya dijadikan sebagai hari terbentuknya skuadron kapal selam Indonesia untuk memperingati bahwa pada tanggal itu Angkatan Laut Indonesia mulai mengoperasikan mesin-mesin perang canggih dengan nilai strategis dan efek jera.
Selama tahun 1960, di masa kejayaan kelas Whiskey, unit-unit di bawah air yang luar biasa digunakan untuk merebut Papua Barat dari kontrol kolonial Belanda. Ada tiga penyebaran kapal selam selama operasi yang disebut dengan Jaya Wijaya-1 untuk melawan pasukan Belanda di Papua Barat. KRI Nagabanda (403), KRI Trisula (402), dan KRI Tjandrasa (408) berhasil meluncurkan serangan terhadap pasukan Belanda di wilayah Papua Barat.
Dalam operasi Tjakra II, Tjandrasa berhasil menyusup wilayah musuh dan mendaratkan sekelompok pasukan khusus Indonesia di pulau tersebut. Untuk keberhasilan operasi itu, Pemerintah Indonesia memberikan Tjandrasa dan awaknya dengan penghargaan bergengsi yakni medali “Bintang Sakti”. Sampai saat ini Tjandrasa adalah satu-satunya kapal angkatan laut yang telah menerima medali itu.
Pada bulan April 1963, dalam operasi Vishnu Mukti, KRL Nagarangsang (404), KRL Tjundamani (411), dan KRI Alugoro (406) kembali melakukan ‘unjuk kekuatan’ di perairan Papua Barat.
Indonesia layak berterimakasih pada 12 kapal selam mereka karena menjadikan Angkatan Laut Indonesia pada saat itu dianggap sebagai salah satu dari angkatan laut paling kuat di Asia-Pasifik menjadikan Indonesia sebagai kekuatan regional dan menjadi sumber kebanggaan dan kepercayaan diri Indonesia.
