Bukan sekali ini saja EgyptAir dibajak. Pada 1985 pesawat milik maskapai ini juga dibajak dan berakhir dengan pertumpahan darah.
Pembajakan terjadi pada 24 November 1985. Krisis dimulai setelah orang-orang bersenjata menguasai jet penumpang sepuluh menit setelah take off dari bandara Athena. Para teroris, yang menyebut diri mereka Revolusi Mesir, yang bersenjatakan senapan dan granat. Mereka memaksa kapten untuk mengalihkan penerbangan ke Malta, di mana pesawat itu mendarat di landasan pacu terpencil Bandara Luqa dekat ibukota Valletta.
Pesawat kemudian duduk di landasan pacu selama 24 jam sementara pihak berwenang Malta mencoba untuk melakukan negosiasi pembebasan para sandera di pesawat. Para pembajak merilis beberapa sandera segera setelah tiba, termasuk dua pramugari yang terluka dan beberapa perempuan Filipina dan Mesir.
Tapi tak lama setelah itu mereka membawa seorang wanita Israel ke pintu dan, tanpa peringatan, menembak kepalanya. Seorang wanita kedua ditembak pagi hari berikutnya, dan yang ketiga, juga Israel, menyusul sehari kemudian.
Dua mayat lagi yang tewas di dalam pesawat juga dilempar keluar ke aspal landasan. “Mereka terus-menerus agresif, melambaikan senjata dan berteriak di wajah semua orang tapi semua penumpang diam, tidak berani berbicara atau bergerak,” demikian kesaksian seorang penumpang.

Pemerintah akhirnya memutuskan operasi militer untuk membebaskan sandera. Tetapi hasilnya adalah malapetaka. Dua dari tiga pembajak tewas sementara dari 88 penumpang yang tersisa, 56 di antaranya tewas.
Tidak mengherankan, ada kritik keras terhadap operasi ini. Pasukan komando dinilai tidak memiliki persiapan yang matang dan kemampuan yang rendah. Beberapa dari mereka penumpang yang meninggal tidak dibunuh oleh pembajak tetapi oleh bahan peledak yang dilemparkan tentara Mesir selama pertempuran itu.
Lima sandera dibunuh oleh para pembajak yakni dua orang Amerika dan tiga warga Israel yang ditembak dengan darah dingin ketika pesawat ada landasan di Malta.
Satu pembajak yakni Omar Rezaq yang masih hidup adalah seorang Palestina yang naik pesawat di bawah identitas palsu. Ia terkait dengan kelompok Abu Nidal.
Ia ditangkap dan diadili di Malta dan dijatuhi hukuman 25 tahun penjara dan hanya menjalani selama tujuh tahun. Setelah dibebaskan, namun, ia pergi ke Nigeria di mana pemerintah menyerahkannya kepada agen FBI yang menunggu dan menerbangkannya ke Amerika Serikat untuk menunggu persidangan. Pada tahun 1996 ia dijatuhi hukuman penjara seumur hidup karena pembajakan tersebut.