Pembangunan jet tempur generasi kelima F-35 telah menjadi program paling mahal dalam sejarah Pentagon, tetapi sejumlah masalah masih terus datang menghantam pesawat siluman yang digadang-gadang akan menjadi tulang punggung kekuatan udara Amerika baik di Angkatan Udara, Angkatan Laut maupun sayap tempur Marinir serta sejumlah negara sekutu.
Pesawat yang satu unitnya akan menghabiskan anggaran US$1,5 trilun selama masa program, telah menghadapi berbagai rintangan dan penundaan. Terakhir, kemampuan tempur pesawat ini diragukan akan diperoleh sesuai jadwal karena masalah software. Dan berikut daftar masalah yang dihadapai F-35 sepanjang programnya.